事業(yè)單位財務(wù)清算是指事業(yè)單位由于發(fā)生隸屬關(guān)系變動、合并、重組和撤消等原因，需要終止其業(yè)務(wù)活動時，應(yīng)對該單位的財產(chǎn)、債權(quán)、債務(wù)進行全面的清理，提出財產(chǎn)作價依據(jù)以及債權(quán)、債務(wù)處理辦法，并妥善處理好各方面的遺留問題。事業(yè)單位財務(wù)清算與事業(yè)單位解散撤消是兩個不同的概念，清算不一定都要解散，而解散一般都應(yīng)進行清算。事業(yè)單位財務(wù)清算是市場經(jīng)濟中的一種正常經(jīng)濟現(xiàn)象。
一、事業(yè)單位財務(wù)清算一般只有普通清算
從單位清算結(jié)果分析，可分為普通清算和特別清算兩種。所謂普通清算，是指單位經(jīng)清算機構(gòu)清算完畢，資產(chǎn)超過負債，單位投資主體還能分得該單位的剩余財產(chǎn)。普通清算由清算委員會主持進行。所謂特別清算，是指經(jīng)清算機構(gòu)對單位的財產(chǎn)和債權(quán)、債務(wù)進行全面清算后，發(fā)現(xiàn)單位資產(chǎn)不抵負債，這樣就需另按(破產(chǎn)法)有關(guān)規(guī)定對單位進行破產(chǎn)處理;通常是在清算機構(gòu)發(fā)現(xiàn)單位資產(chǎn)不抵清算債務(wù)時，立即停止清算，并按程序向人民法院申請宣告破產(chǎn)。經(jīng)法院裁定單位破產(chǎn)后，清算事務(wù)即移交法院處理，清算按破產(chǎn)程序進行。特別清算除清算委員會外，還必須召開債權(quán)人會議，必須有監(jiān)理人和檢查人進行破產(chǎn)清算的監(jiān)督。
從事業(yè)單位的非盈利性性質(zhì)和事業(yè)單位財務(wù)清算的原因進行分析，事業(yè)單位一般只有普通財務(wù)清算，沒有特別財務(wù)清算;或者說事業(yè)單位的財務(wù)清算無普通清算與特別清算之分。
二、財務(wù)清算必須在財政部門和國有資產(chǎn)管理部門的監(jiān)督指導(dǎo)下進行
從我國目前和今后相當長的歷史階段來看，事業(yè)單位的投資主體和經(jīng)費來源，仍然主要是財政撥款。雖然在市場經(jīng)濟條件下，國家將逐步改變包辦一切事業(yè)的做法，鼓勵社會力量和個人興辦各項事業(yè)，但是對那些只有社會效益而無明顯經(jīng)濟效益的事業(yè)、代表社會共同利益和長遠利益的事業(yè)、不能夠或者不便于由市場調(diào)節(jié)的非盈利性事業(yè)，例如基礎(chǔ)教育、基礎(chǔ)研究、地震預(yù)測預(yù)報、計劃生育和其他社會公益事業(yè)等，還是只能通過國家財政撥款來支持。這樣，我國絕大多數(shù)事業(yè)單位的財產(chǎn)物資屬于國有資產(chǎn)，盡管一些單位由于種種原因需要進行財務(wù)清算，但它們屬國家所有的性質(zhì)絕不能因此發(fā)生變化。事業(yè)單位無論是因隸屬關(guān)系發(fā)生變動或轉(zhuǎn)為企業(yè)單位，還是重組、合并、撤消，都必須保障國有資產(chǎn)的完整與安全，決不允許由于單位財務(wù)清算而發(fā)生國有資產(chǎn)流失。因此，事業(yè)單位的財務(wù)清算必須在財政部門和國有資產(chǎn)管理部門的監(jiān)督指導(dǎo)下進行。