農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)糾紛的原因如下：

1、司法的尷尬。司法作為解決社會(huì)矛盾的最后一道屏障。在面對(duì)大量涌出的、直接關(guān)系到所涉當(dāng)事人“命根子 ”的利益和農(nóng)村社會(huì)的穩(wěn)定的這一類糾紛，盡管非常慎重，但仍然難以避免這樣的尷尬，因?yàn)楹芏嗔鬓D(zhuǎn)戶之間根本沒有流轉(zhuǎn)協(xié)議，舉不出證據(jù)來，法律公正又難以維持，這樣的裁判結(jié)果可能引發(fā)大量流轉(zhuǎn)戶之間的糾紛和訴訟。

2、立法的欠缺。目前我國法律關(guān)于農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)方面的規(guī)定主要是《土地承包法》的第五節(jié)第三十二條至第四十三條，共十二個(gè)條文，內(nèi)容比較原則，缺乏可操作，對(duì)于各種流轉(zhuǎn)方式應(yīng)當(dāng)履行的程序性要求，缺乏具體詳細(xì)的規(guī)定。如第三十七條中“采取轉(zhuǎn)讓方式流轉(zhuǎn)的，應(yīng)當(dāng)經(jīng)發(fā)包方同意；采取轉(zhuǎn)包、出租、 互換或者其他方式流轉(zhuǎn)的，應(yīng)當(dāng)報(bào)發(fā)包方備案?！钡囊?guī)定，在實(shí)踐中沒有起到約束當(dāng)事人流轉(zhuǎn)的作用。原因是《土地承包法》中對(duì)不依法履行上述程序性要求，應(yīng)當(dāng)承擔(dān)的法律后果沒有相應(yīng)的規(guī)定。所以農(nóng)民在土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)中很隨意且不受拘束。

3、仲裁機(jī)構(gòu)沒有發(fā)揮糾紛仲裁作用?，F(xiàn)在多數(shù)群眾還不知道發(fā)生土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)糾紛可以申請(qǐng)仲裁以及如何誰申請(qǐng)仲裁；縣仲裁委也由于經(jīng)費(fèi)、人員的困擾很難開展工作。

4、鎮(zhèn)、村管理服務(wù)的缺失?，F(xiàn)在絕大多數(shù)鄉(xiāng)鎮(zhèn)沒有行之有效的土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)管理制度，沒有真正發(fā)揮作用的管理部門和人員，使農(nóng)村土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)的流轉(zhuǎn)處于一種無序、近乎失控的狀態(tài)；而村集體經(jīng)濟(jì)組織對(duì)土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)流轉(zhuǎn)方面的管理也近乎空白，不少村干部沒有管理的意識(shí)，認(rèn)為村里中心工作都忙不過來，群眾自愿流轉(zhuǎn)不必操那閑心，因此也就沒有這方面的管理措施和管理行為。

5、農(nóng)民法律意識(shí)和法律知識(shí)的缺乏。絕大多數(shù)農(nóng)戶認(rèn)為土地三十年內(nèi)承包權(quán)是自己的，流轉(zhuǎn)與村里沒有關(guān)系，不必報(bào)村里批準(zhǔn)或備案；有的農(nóng)戶認(rèn)為流轉(zhuǎn)無需簽訂書面協(xié)議，都是鄉(xiāng)鄰鄉(xiāng)親的，平時(shí)相互也了解，口頭說一下就行了，立書面協(xié)議顯得見外。

6、流轉(zhuǎn)行為的不規(guī)范?！锻恋爻邪ā返谌邨l規(guī)定，“土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)采取轉(zhuǎn)包、出租、互換、轉(zhuǎn)讓或其他方式流轉(zhuǎn)，當(dāng)事人雙方應(yīng)當(dāng)簽訂書面合同?！钡珜?shí)踐中，流轉(zhuǎn)行為存在嚴(yán)重不規(guī)范的現(xiàn)象：

（1）以農(nóng)戶自行流轉(zhuǎn)為主，極少履行報(bào)批、報(bào)備案或申請(qǐng)變更登記等法定手續(xù)，流轉(zhuǎn)任意性大。

（2）農(nóng)戶流轉(zhuǎn)以口頭約定為主。

（3）為數(shù)不多的書面流轉(zhuǎn)協(xié)議，大多也不同程度地存在概念不清、約定不明、權(quán)利義務(wù)不確定等問題。

7、土地承包經(jīng)營(yíng)權(quán)證書發(fā)放有尾巴。2004年完善土地二輪承包時(shí)，許多村工作不實(shí)，回避矛盾，應(yīng)付上級(jí)。如有的村承包合同和權(quán)證審批表上承包農(nóng)戶未簽字而由村干部代簽、有的村將農(nóng)戶的證書扣留不發(fā)，這些情況在各鎮(zhèn)、村均不同程度地存在。