兩者的區(qū)別主要表現(xiàn)在以下三個方面：

(一)適用范圍不同：行政審批的適用范圍較寬，可以歸入行政審批的項目種類按照目前的統(tǒng)計不下于50種，甚至包括推薦、命名、備案、證明等。而根據(jù)《行政許可法》第二條的規(guī)定，行政許可大體上可以分為五類：

1、普通許可：直接涉及國家安全、公共安全、經(jīng)濟宏觀調(diào)控，生態(tài)環(huán)境保護以及直接關(guān)系人身健康、生命財產(chǎn)安全等特定活動，需要按法定條件予以批準(zhǔn)的事項。例如，食品衛(wèi)生許可、危險化學(xué)品的生產(chǎn)銷售許可等。這類許可依法律規(guī)定的條件規(guī)定，并無數(shù)量上的限制。

2、特許：有限自然資源的利用、公共資源的限量以及直接關(guān)系公共利益的特定行業(yè)的市場準(zhǔn)入等，需要賦予特定權(quán)利的事項。例如：采礦許可，取水許可，海域使用許可，無線電頻率許可(壟斷行業(yè))等。這類許可一般有數(shù)量限制，應(yīng)當(dāng)通過招標(biāo)、拍賣的方式?jīng)Q定。

3、認(rèn)可：提供公眾服務(wù)并且直接關(guān)系公共利益的職業(yè)、行業(yè)，需要確定具備特殊信譽、特殊條件或者特殊技能等資格、資質(zhì)的事項。例如：醫(yī)師、律師、會計師資格，建設(shè)企業(yè)的資質(zhì)等。這類許可事項一般應(yīng)通過考試、考核等方式?jīng)Q定。

4、核準(zhǔn)：直接關(guān)系公共安全、人身健康、生命財產(chǎn)安全的重要設(shè)備、設(shè)施、產(chǎn)品、物品需要按照技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)規(guī)范，通過檢驗、檢測、檢疫等方式進行審定的事項：如電梯運行的核準(zhǔn)，動物及動物產(chǎn)品的檢疫等。

5、登記：企業(yè)或者其他組織的設(shè)立等，需要確定主體資格的事項，這類許可主要是形式審查。

(二)設(shè)定的條件不同。行政許可是一項重要的行政權(quán)力?！缎姓S可法》規(guī)定：只有法律、行政法規(guī)和國務(wù)院有普遍約束力的決定可以設(shè)定行政許可，地方性法規(guī)可以依據(jù)法定條件設(shè)定行政許可，地方政府規(guī)章可以依據(jù)法定條件設(shè)定臨時性行政許可。其他規(guī)范性文件一律不得設(shè)定行政許可。

而行政審批事項的設(shè)定，法律并無嚴(yán)格限制，各級行政機關(guān)(也包括非行政機關(guān))都可以設(shè)定審批事項。

(三)指向的對象不同：行政審批的對象十分寬泛，除了公民法人和其他組織外，還包括行政機關(guān)本身。它不僅涉及外部對象，也涉及行政機關(guān)內(nèi)部事項；而按照《行政許可法》(第三條)的規(guī)定，行政許可的對象僅僅是公民法人和其他組織，并不包括行政機關(guān)對其他機關(guān)或者其直接管理的事業(yè)單位的人事、財務(wù)、外事等事項的審批，當(dāng)然也不包括行政機關(guān)的內(nèi)部審批事項。

行政許可與行政審批有差別，行政許可是行政審批的一部分。行政許可與行政確認(rèn)也是不同的，如果相對人的權(quán)利形成于行政機關(guān)作出決定之前，則是行政確認(rèn)，如果相對人的權(quán)利產(chǎn)生于行政機關(guān)作出決定之時，則是行政許可。行政許可與行政登記也是不同的，一是行政登記沒有裁量權(quán)，行政許可有裁量權(quán)。