根據(jù)《審計法》、《審計法實(shí)施條例》、《國家審計基本準(zhǔn)則》等的規(guī)定，環(huán)境行政審計程序大致分為以下四個階段：

一是準(zhǔn)備審計階段。這一階段的主要工作內(nèi)容是：

(1)根據(jù)審計項(xiàng)目計劃確定的審計事項(xiàng)組成審計組，并指定審計組組長。審計組實(shí)行組長負(fù)責(zé)制。

(2)由審計組編制審計方案。審計方案的內(nèi)容包括編制審計方案的依據(jù)；被審計單位的名稱和基本情況；審計的范圍、內(nèi)容、目標(biāo)、重點(diǎn)、實(shí)施步驟和預(yù)定時間；審計組組長、審計組成員名單及其分工；編制審計方案的日期。審計方案經(jīng)審計組所在部門領(lǐng)導(dǎo)或者審計機(jī)關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)批準(zhǔn)后，由審計組負(fù)責(zé)實(shí)施。

(3)送達(dá)審計通知書。審計機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)在實(shí)施審計3日前，向被審計單位送達(dá)。審計通知書的內(nèi)容包括被審計單位名稱；審計的依據(jù)、范圍、內(nèi)容、方式和時間；審計組組長和其他成員名單；對被審計單位配合審計工作的具體要求；審計機(jī)關(guān)公章及簽發(fā)日期。審計機(jī)關(guān)認(rèn)為需要被審計單位自查的，應(yīng)當(dāng)在審計通知書中寫明自查的內(nèi)容、要求和期限。

二是實(shí)施審計階段。實(shí)施階段是具體開展審計活動的階段，它是整個審計監(jiān)督工作過程中的一個關(guān)鍵階段。這一階段的主要任務(wù)是做好查證核實(shí)工作。審計人員依照確定的審計方案，通過審查被審計單位銀行帳戶、會計憑證、會計帳簿、會計報表，查閱與審計事項(xiàng)有關(guān)的文件、資料，檢查現(xiàn)金、實(shí)物、有價證券，向有關(guān)單位和個人調(diào)查等方式進(jìn)行審計，并取得證明材料。審計人員向有關(guān)單位和個人進(jìn)行調(diào)查時，應(yīng)當(dāng)出示審計人員的工作證件和審計通知書副本。審計中如有特殊需要，可以指派或者聘請專門機(jī)構(gòu)或者有專門知識的人員，對審計事項(xiàng)中某些專門問題進(jìn)行鑒定。審計人員實(shí)施審計時，應(yīng)當(dāng)對審計工作進(jìn)行記錄，編制審計工作底稿。審計工作底稿的主要內(nèi)容包括被審計單位的名稱；審計項(xiàng)目的名稱以及實(shí)施的時間；審計過程記錄；編制者的姓名及編制日期；復(fù)核者(一般為審計組組長)的姓名及復(fù)核日期；索引號及頁次；其他應(yīng)說明的事項(xiàng)。

三是提出報告階段。審計組實(shí)施審計活動終結(jié)，應(yīng)當(dāng)向?qū)徲嫏C(jī)關(guān)提出審計報告剛。審計報告應(yīng)當(dāng)在實(shí)施審計終了后15日內(nèi)提出，特殊情況下，經(jīng)批準(zhǔn)，提出審計報告的時間可以適當(dāng)延長。審計組向?qū)徲嫏C(jī)關(guān)提交審計報告前，應(yīng)當(dāng)征求被審計單位對審計報告的意見。被審計單位自收到審計報告之目起10日內(nèi)，提出書面意見。如果在規(guī)定期限內(nèi)沒有提出書面意見的，視同無異議。被審計單位對審計報告有異議的，審計組應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步核實(shí)、研究。如有必要，應(yīng)當(dāng)修改審計報告。審計組應(yīng)當(dāng)將審計報告、被審計單位對審計報告的書面意見及審計組的書面說明，一并報送審計機(jī)關(guān)。審計機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)建立健全審計報告的復(fù)核制度，由復(fù)核機(jī)構(gòu)或復(fù)核人員對審計報告的合法性、合理性、準(zhǔn)確性等進(jìn)行復(fù)核。審計報告經(jīng)復(fù)核后，由審計機(jī)關(guān)最后進(jìn)行審定。一般審計事項(xiàng)的審計報告，可以由審計機(jī)關(guān)主管領(lǐng)導(dǎo)審定；重大審計事項(xiàng)的審計報告，應(yīng)當(dāng)由審計機(jī)關(guān)業(yè)務(wù)會議審定。

四是作出處理階段。這是審計程序的最后階段。這一階段的主要任務(wù)是在前一個階段的基礎(chǔ)上，審計機(jī)關(guān)依據(jù)審定的審計報告對審計事項(xiàng)作出評價，出具審計意見書，對違反國家規(guī)定的財政收支、財務(wù)收支行為以及違反《審計法》和其他行政審計方面的規(guī)范性法律文件的行為給予處理、處罰。審計機(jī)關(guān)審定審計報告后，應(yīng)當(dāng)根據(jù)不同情況，分別作出以下處理：對審計事項(xiàng)作出評價，出具審計見書。被審計單位如有違反國家規(guī)定的財政收支、財務(wù)收支行為，且情節(jié)顯著輕微的，可以在審計意見書中予以指明并令其糾正；對有違反國家規(guī)定的財政收支、財務(wù)收支行為需要依法給予處理、處罰的，除應(yīng)當(dāng)對審計事項(xiàng)作出評價，出具審計意見書外，還應(yīng)當(dāng)對違反國家規(guī)定的財政收支、財務(wù)收支行為，在法定職權(quán)范圍內(nèi)作出處理、處罰的審計決定。審計機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到審計報告之日起30日內(nèi)，將審計意見書和審計訣定書送達(dá)被審計單位和有關(guān)單位。審計決定書自送達(dá)之日起生效。被審計單位如果不服審計決定，可以依法申請復(fù)議，我國立法對不服審計具體行政行為的救濟(jì)程序的規(guī)定采用了復(fù)議前置原則，即被審計的單位或個人如果不服審計機(jī)關(guān)針對自己所作的具體行政行為，必須先提出行政復(fù)議申請，不得直接提起行政訴訟。只有在不服復(fù)議決定，且爭議的具體行政行為屬于人民法院行政訴訟受案范圍的情況下，被審計的單位或個人才能依法提起行政訴訟。根據(jù)《審計法實(shí)施條例》第46條規(guī)定，對地方審計機(jī)關(guān)作出的審計決定不服的應(yīng)先向上一級審計機(jī)關(guān)或者本級人民政府申請復(fù)議；對審計署作出的審計決定不服的，應(yīng)當(dāng)先向?qū)徲嬍鹕暾垙?fù)議。審計機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)自收到復(fù)議申請書之日起2個月內(nèi)作出復(fù)議決定。遇有特殊情況的，作出復(fù)議訣定的期限可以適當(dāng)延長；但是，延長的期限最長不得超過2個月，并應(yīng)當(dāng)將延長的期限和理由及時通知復(fù)議申請人。